Tradicionalmente se ha considerado que la lengua mapuche, el Mapudungun, es una lengua aislada, sin relación directa de parentesco con ninguna de las lenguas del cono sur (Lenz 1896: XXII).
Para Englers (1936: 80), en cambio, hay un probable parentesco, aunque lejano, entre el mapuche, el quechua y el aymara.
Según la clasificación estándard, el mapuche pertenece a la subfamilia araucana (familia araucano chon), del grupo andino, tronco andino-ecuatorial.
Otros autores como Stark y Hams han vinculado genéticamente el mapuche con el maya.
Mary Key sostiene que el mapuche está emparentado con las lenguas tacano-panoanas de Perú y Bolivia.
Últimamente, Payne ha planteado el parentesco con las familias arawak del grupo ecuatorial, tronco andino ecuatorial.