La situación de los otros Pueblos Indígenas de Chile está marcada por la invisibilidad. La legislación indígena prescindió de los Pueblos Indígenas de Chile y sólo legisló acerca de la terratenencia Mapuche. La situación cambia sólo a partir de la promulgación de la Ley 19.253 sobre Protección Fomento y Desarrollo de los Indígenas. Con anterioridad, la relación entre el Estado y los Pueblos Indígenas se daba en el marco de una política pública que tendía a la asimilación de los indígenas, principalmente a través de la educación impartida en el régimen de instrucción pública y que en el Norte es conocido por los Pueblos Aymara, Quechua y Lickanantay como proceso de “chilenización”.

La situación del Rapa Nui es particular. La población Rapa Nui desde la anexión del territorio a Chile en 1888 hasta el año 1966, fecha en que se promulga la Ley 16.441 conocida como Ley Pascua, no gozaron de derechos civiles. Carecían de derechos políticos y estaban sometidos a un régimen administrativo y judicial de tipo militar esclavista, donde el Estado ejercía jurisdicción a través de la Armada de Chile y sus autoridades apostadas en Isla de Pascua. A partir de 1966 se transforman en ciudadanos chilenos y en términos legales opera la regla de la igualdad jurídica. En la actualidad demandan un estatuto de autonomía para el gobierno interno de su territorio y exigen el cumplimiento del Acuerdo de Voluntades suscrito por el Pueblo Rapa Nui con el Estado de Chile en 1888, en el cual fundan su demanda de autonomía y sus derechos de propiedad sobre las tierras de Isla de Pascua.

En los Canales Australes sólo subsisten en exiguo número algunos representantes de los Pueblos Yágan o Yámana y Kawésqar o Alacalufes. Los pueblos Aónikenk o Tehuelches y Selk’nam u Onas, fueron objeto de una política de exterminio que concluyó con su total extinción.